Ziel des Qualitätsmanagements ist die Sicherung und Optimierung des störungsfreien Betriebes des Naturfreibades.
Im Einzelnen besteht das Qualitätsmanagement aus folgenden Komponenten:

- Erhebung biologischer, chemischer und physikalischer Daten vor Ort

- Erhebung der Betriebsdaten

- Zusammenfassung aller relevanten Daten des Naturfreibades (Hygiene, Ökologie, Betriebsbuch)

- Auswertung und Darstellung der Daten

- Hinweise zur Lösung vorhandener und zur Vermeidung absehbarer Probleme

Das Qualitätsmanagement wird während der Badesaison durchgeführt. Um die Kompetenz vor Ort mit einzubeziehen und die Kosten zu minimieren, werden die Betriebsdaten und die gewässerökologischen Daten soweit möglich von Mitarbeitern des Betreibers erhoben. Dazu findet eine Einweisung durch die KLS Gewässerschutz GmbH statt.
Proben, die aktuell untersucht werden müssen, schickt man in speziell vorbereiteten Gefäßen an KLS Gewässerschutz, wo sie dann ausgewertet werden. Die Daten zur Hygiene werden in der Regel vom zuständigen Gesundheitsamt ermittelt.

Sämtliche Daten werden dann von der KLS Gewässerschutz GmbH übernommen und ausgewertet. Die Bewertung des Naturfreibades erfolgt nach dem Index für die Wasser-Qualität von Naturfreibädern (IQ^N)^®. 

Die Wasserqualität eines Naturfreibades ist neben der Hygiene auch von der Gewässerökologie abhängig. Jedes Naturfreibad ist als Individuum anzusehen, dessen Reaktionen auf die Bade-Nutzung zunächst nicht vollständig vorhersagbar sind. Zudem befinden sich die einzelnen Systemkomponenten in einem Prozess der Reifung und Entwicklung. Es ist deshalb notwendig, die gewässerökologischen Parameter eines Naturfreibades zu überwachen.

In Deutschland wird dies durch die Empfehlungen des Umweltbundesamtes (UBA) und durch die „Richtlinien für Planung, Bau, Instandhaltung und Betrieb von Freibädern mit biologischer Wasseraufbereitung (Schwimm- und Badeteiche)“ der FLL (Forschungsgesellschaft Landschaftsentwicklung Landschaftsbau e.V.) geregelt. Hierin wird die jährliche Dokumentation und fachliche Bewertung der ökologisch relevanten Parameter gefordert.